大部分净水器是采用阻筛过滤原理渐进式结构方式，由多级滤芯首尾串接而成，滤芯精密度由低到高依次排列，以实现多级滤芯分摊截留污物，从而减少滤芯堵塞和人工排污、拆洗的次数以及延长更换滤芯的周期。还有一种新的设计思路是应用分质流通原理自洁式结构方式，它的设计思想不再是提供尽可能多的空间用于藏污纳垢，而是采取分质原理，分离出一小部分洁净水，同时又尽可能让原水照常流通流动起来使污质随水流及时被带走，达到流水不腐。这样既得到了净化水，又不会或不容易在机内沉淀污物，避免形成二次污染和大大减轻滤芯损耗，水质更好更又节能低炭。

水器材料与否在国标《生活饮用水水质处理器卫生与功能评价规范——一般水质处理器》中有严格要求，净水器需要浸泡24小时测试，检测浸泡后的水中是否从材料中溶解有害物质，这样才能确保材料的。

净水器结构不同，净水效果也不同。一般说，一级过滤净水器结构简单，其过滤能力有限，只能用作粗过滤使用，过滤的水加热烧开饮用一级过滤的净水器多数属于低档净水产品，每台售价在十几元至150元之间。

选购净水器的基本原则是要除掉水中的可见的污染物，例如铁锈、胶体物质、异味和异臭、余氯和一些副产物、有机污染物，重金属等，并能保留水中的矿物质元素。根据不同地区的水质情况，选择合适的净水器。

1、不同地区的水质硬度不同，我国北方高硬度水质和南方石灰岩地区，水中钙、镁离子含量较高，容易结垢，应选购带离子交换树脂滤芯的高级过滤净水器。

2、水中含氯、异色异味较重，有机物含量较多的城市自来水，可选购活性炭载量较多的家用净水器。因为活性炭对水中余氯、异色异味有强力吸附作用，对有机物有明显的去除效果。

3、用于城乡水质较浑浊的自来水净化的，应选购有粗滤、精滤双重功能的家用净水器。 对于水中污染严重，要求彻底滤除水中任何杂质，不需加热直接饮用的，应选购反渗透纯水机。