医药洁净工程中洁净室这个概念一开始就是因为手术室才存在的，在没有洁净室的年代据大数据统计每年都有约10%的病患因感染而丧命。外科手术中病患的伤口更是直接暴露在空气中，所以感染率更高。空气洁净技术用在手术室工程中可以创造出一个无菌环境，将正在进行手术的医生和病患以及手术器械都笼罩在内，极大地降低了感染率。
医药洁净工程中洁净室这个概念一开始就是因为手术室才存在的，在没有洁净室的年代据大数据统计每年都有约10%的病患因感染而丧命。外科手术中病患的伤口更是直接暴露在空气中，所以感染率更高。空气洁净技术用在手术室工程中可以创造出一个无菌环境，将正在进行手术的医生和病患以及手术器械都笼罩在内，极大地降低了感染率。
医药洁净工程中生产区域要求洁净车间内应保持适当的新鲜空气，保证室内工作人员每人每小时都有不少于40m的新鲜空气。温度和湿度的要求与洁净车间的洁净度息息相关，通常洁净度为100级和10000级的洁净车间要求温度为20~24℃、湿度为45~60%；洁净度为100000级的洁净车间要求温度为18~28℃、湿度为50~65%。
医药洁净工程中洁净车间还要求提供足够的照明，主要工作区域照明亮度值应高于300lux。无尘厂房的走廊和次要工作区域照明亮度值应在150～300lux之间。
医药洁净工程之无尘厂房的设计既要满足现阶段产品的生产的基本需求，又要考虑到后续生产拓展和技术改进的可能性。洁净车间的指标也是医药生产性的重要指标，切不可大意。
医药洁净工程的工艺布置应防止人与物流之间的混合交叉污染。首先，要将人员和其它物品进出生产区域的通道分开设置，比较容易被污染的材料（如一些原材料和辅助材料，生产中产生的废渣等）可以设置专门特殊入口。为加快生产效率，洁净车间之间的货物路线的布置要尽可能短。医药洁净工程布局的生产作业区间内只应安置必要的工艺设备， 用作生产和储存的区域不得用作该区域以外工作人员的出入道路。运输人或者物品的电梯应分开，且不可设置在洁净车间内。