北京同仁医院医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。
张青蔚 副主任医师：专业擅长
近视，远视，散光的手术。
个人简介
张青蔚，女，副主任医师，2003年--2006年首都医科大学附属北京同仁医院眼科学博士；毕业后留北京同仁医院眼科中心工作。历任北京同仁医院眼科住院医师、主治医师、副主任医师。攻读硕士与博士期间，从未脱离眼科临床工作，轮转过同仁医院眼科所有亚科，积累了丰富的眼科临床工作经验。每年参与首都医科大学研究生的眼显微手术技术带教工作。曾多次赴美国、新加坡等国家进修、学习，并积极参加国际眼科学术交流活动。曾于2012年2月至2012年5月在美国纽约眼耳鼻喉医院进修准分子激光屈光手术和角膜病的学习。
王琪 主任医师：专业擅长
喉癌、下咽癌、鼻窦癌、甲状腺等肿瘤的诊治，以及鼻咽喉良性疾病的诊治
个人简介
王琪，甘肃省人，医学博士，硕士研究生导师，现任首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科主任医师。长期从事耳鼻咽喉头颈外科领域的教学和科研工作，在本领域影响较大。主要从事头颈部肿瘤的基础研究与临床实践，并开展相关的鼻、咽喉领域的临床工作。在喉癌、下咽癌、鼻窦癌、垂体瘤、甲状腺等肿瘤的方面积累了丰富的经验，并利用鼻内镜和支撑喉镜下CO2激光等先进技术开展了大量的手术。可独立完成头颈部肿瘤如喉癌、口腔癌、鼻腔、鼻窦肿瘤、鼻咽部肿瘤、甲状腺肿瘤和垂体肿瘤等的诊断和手术，独立完成复杂鼻内镜下的鼻腔、鼻窦病变的手术及支撑喉镜下的喉显微外科手术、腭咽成形术等。主要从事肿瘤基因的研究，2002年在加拿大UBC大学完成博士后学习，从事口腔黏膜癌前病变的分子生物学检测，完成了“早期不典型增生上皮等位基因缺失的检测”的课题，掌握了冰冻切片技术，组织显微切割技术，DNA提取技术等。2007年“上呼吸道乳头状瘤有关和基因的联合应用及相关分子机制”获得国家自然基金资助。担任多家专业机构学术顾问，承担临床会诊工作。利用分子生物学技术对头颈部癌前病变进行了研究，从事头颈肿瘤的分子生物学诊断及基因研究。
张树 主治医师：专业擅长
拇外翻，足趾畸形，甲沟炎，复发的拇趾腱鞘囊肿，踝扭伤；平足症等
个人简介
张树，男，首都医科大学附属北京同仁医院足踝外科医师，国际负重CT协会（International WBCT Society）成员，中华足踝继续医学教育学院客座教授，毕业于首都医科大学临床医学5+3长学制临床医学系；熟练掌握常见足踝外科疾病的诊断、；包括拇外翻，足趾畸形，甲沟炎，复发的拇趾腱鞘囊肿，踝扭伤，骨软骨损伤，平足症及高弓内翻足等复杂中后足病变。