医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
1. 脑转移瘤疑难病会诊中心简介：近年来，随着癌症患者生存时间的延长以及相关检测手段的进步，脑转移瘤发病率呈逐年增高趋势，脑转移瘤总体难度较大，效果较差。我院于2014年成立了脑转移瘤疑难病会诊中心，汇聚了9大科室，包括神经外科、肿瘤内科、放疗科、放射科、核医学科等众多学科，将手术、化疗、放疗、分子靶向等多种手段相结合，根据不同患者实际情况，进行综合性、个体化的诊断和，以限度地致力于为患者提供有效，副作用小，注重生活质量的个性化医疗方案。
2. 会诊疾病适应证：脑转移瘤的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约呼吸内科或肿瘤内科、胸外科、放疗科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周五上午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
血友病疑难病会诊
1.血友病疑难病会诊中心简介：血友病是一种遗传性出血性疾病，因患者凝血功能异常，易出血，如果诊治不及时或未得到标准规范的，可导致严重的并发症，致残及致死率较高。我院于2016年12月成立了血友病疑难病会诊中心，中心团队包括血液内科、骨科、物理康复科、感染内科、基本外科、消化内科、泌尿外科、超声科、放射科、口腔科、产科及护理学科等。
2. 会诊疾病适应证：血友病合并有并发症的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约血液内科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周四下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
1.肝胆恶性肿瘤疑难病会诊中心简介：根据肝癌的不同阶段，通过多学科会诊，给予个体化的综合方案，是提高疗效的关键。我院于2017年5月成立肝胆恶性肿瘤疑难病会诊中心，该中心包括肝脏外科、肿瘤内科、临床营养科、病理科、放疗科及放射科。
2. 会诊疾病适应证：肝胆恶性肿瘤的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约肝外科或肿瘤内科、放疗科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周四下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；