把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
见索即付保函具有独立性。虽然担保人是依照基础合同的一方当事人申请，向基础合同的另一方当事人作出见索即付的承诺，但一旦见索即付保函生效，担保人与受益人之间的权利义务关系就完全以保函中所记载的内容为准，而不再受基础合同的影响。只要受益人按照保函的要求提交了索赔文件，担保人必须付款。担保人不得主张先诉抗辩权，也不能以基础合同的债务人的抗辩理由来对抗受益人。即使基础合同的债务人已经履行了合同义务或者基础合同已经因其它原因中止，担保人的责任也不能随之解除。只有在保函本身的有效期过后，担保人才能解除担保责任。相反，通常使用的保证合同具有从属性，主合同无效，作为从合同的保证合同亦无效。
银行仅负有对保函规定的单证在表面上进行谨慎审查的义务。根据国际商会1992年公布的《见索即付保函统一规则》和联合国1995年签订的《联合国独立性保函与备用信用证公约》规定，保证人虽不对受益人所提交的单证的正确性承担责任，但保证人首先应尽合理的谨慎，对单证在表面上是否适当进行审查，如单证是否齐全，只要所提交的单证经合理谨慎、审查符合保函规定的表面要求，保证人就应付款，即便单证的内容是虚假的，形式是伪造的。
根据委托书和反担保形成的追偿权。首先，委托人向担保行出具的委托书中应明确记载二项重要内容：一是委托担保行出具见索即付银行保函，二是承诺一旦担保人依据保函承担付款责任，委托人应无条件立即予以补偿。
其次，担保行还可以要求委托人以其财产或由第三人提供反担保。根据委托书和反担保函，担保人在承担担保责任后即可对委托人行使追偿权。若以财产为反担保物，则可以从该担保物的变卖价款中优先受偿。若由第三人提供保证，则可向反担保人追偿。